Во-первых, iPhone не будет запускать EXE-файл.
Во-вторых, НИКАКОЙ iphone не позволит "установить", как компьютер. Вы можете вносить файлы в свое приложение, и ваше приложение может делать с ними все, что угодно, но вы не сможете установить все приложение таким образом.
В-третьих, чтобы ответить на ваш вопрос, вы можете использовать
+[NSData dataWithContentsOfURL:]
чтобы получить файл с вашего сервера в телефон, затем использовать эти данные для записи в файл или делать что угодно.