Первый аргумент в split для разделителя является обычным регулярным выражением, поэтому
my $sep = 'sep';
my @fields = split /$sep/i, $string;
будет разбивать строку на sep
без учета регистра (для любого из * 1007)*, sEP
и т. Д.).
Простая попытка:
perl -wE'$str = q(heysephosEpho); say for split /seP/i, $str'