Если вы используете EJB, то идиома заключается в использовании объектных компонентов для взаимодействия с базой данных. Если вы используете EJB3, вы должны создать объект и использовать аннотации для работы с базой данных. SQL генерируется для вас с использованием JPA.
Итак, если EJB предоставляет всю эту абстракцию, чтобы помочь вам, почему вы чувствуете необходимость вернуться на более низкий уровень и написать PreparedStatement? Возможно, реальный ответ - переосмыслить вашу объектную модель и посмотреть, как запрос может вписаться в абстракцию бина сущности.