WinMerge - лучший инструмент для Windows.
Чтобы создать файл патча, вам нужно сделать следующее:
File>Open
- Здесь вы открываете файлы, для которых вы генерируете файл патча.
Tools>Generate Patch
- Здесь вы указываете путь для сохранения файла патча. А WinMerge сохранит для вас файл патча.