R параллельная работа зависает - PullRequest
1 голос
/ 24 сентября 2019

Я запускаю скрипт snow-test.R, как написано на сайте:

https://hpcf.umbc.edu/other-packages/how-to-run-r-programs-on-maya/

скрипт запускается в кластере с использованием SLURM с командой:

mpirun -np 1 R CMD BATCH --no-save --no-restore snow-test.R out.dat

версия R - 3.5.1.Хотя скрипт запускается и отображает результат, он зависает в конце.Таким образом, мне нужно убить процесс вручную из очереди SLURM с помощью команды scancel.

Кроме того, когда я изменяю версию R на 3.4.4 с использованием тех же сценариев, R не может запустить сценарий, он жалуется на сообщение:

Ошибка в Rmpi ​​:: mpi.comm.spawn (slave = mpitask, slavearg = args, nslaves = count,: MPI_ERR_SPAWN: не удалось вызвать процессы Вызовы: makeMPIcluster -> -> .Call Выполнение остановлено

Спасибо.

...