Включение рисунка и его подписи без включения сюжета (rmarkdown, knitr) - PullRequest
Новая
       10

Включение рисунка и его подписи без включения сюжета (rmarkdown, knitr)

4 голосов
/ 24 сентября 2019

Я пишу бумагу, используя rmarkdown, knitr и rticles пакет .Этот документ будет отправлен на PLOS ONE , и я использую шаблон PLOS ONE LaTeX, доступный в пакете rticles R.

PLOS ONE требует, чтобы подписи к рисункам отображались в тексте (гдерисунки должны появляться), тогда как рисунки должны быть загружены отдельно от основной рукописи.

Поэтому мне интересно, есть ли способ включить подписи к рисункам в PDF-файл, созданный с использованием knitr, в то время каккроме графиков?

Ниже представлен скриншот с желаемым результатом.Шаблон LaTeX также доступен для Overleaf .

enter image description here

Ответы [ 2 ]

2 голосов
/ 24 сентября 2019

Вы можете скрыть сюжет (как первоначально предложено @duckmayer) и добавить подпись с помощью пакета LaTeX caption: 

---
title: Title of submission to PLOS journal
author:
  - name: Alice Anonymous
    email: alice@example.com
    affiliation: Some Institute of Technology
    corresponding: alice@example.com
address:
  - code: Some Institute of Technology
    address: Department, Street, City, State, Zip
abstract: |
  Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit.

author_summary: |
  Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit.

output: rticles::plos_article
header-includes:
  - \usepackage{caption}
---

# Introduction

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit.

```{r pressure, echo=FALSE,  fig.show='hide', results='asis', fig.path="plots-"}
plot(pressure)
cat("\n\\captionof{figure}{Here is a figure caption.}\n")
```

Результат:

enter image description here

В этом случае фигура для представления будет иметь имя plots-pressure-1.pdf

1 голос
/ 24 сентября 2019

Я бы просто сжал график в конечном выводе до размеров 0 x 0, используя параметры чанка out.width и out.height.(См. Эту великолепную документацию для всех опций чанка: https://yihui.name/knitr/options/#plots).

Например: 

---
title: "SO Answer"
author: "duckmayr"
date: "9/24/2019"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

Here's how to make the figure with the caption but without the plot:

```{r pressure, fig.cap='Here is a figure caption.', out.width=0, out.height=0}
plot(pressure)
```

enter image description here

Обновление:Где находятся файлы графиков?

Если вы добавите строку, такую ​​как 

knitr::opts_chunk$set(fig.path = "figures/")

, к блоку setup выше, графики будут сохранены в подкаталоге figures/. Например,, после вязания 

---
title: "SO Answer"
author: "duckmayr"
date: "9/24/2019"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
knitr::opts_chunk$set(fig.path = "figures/")
```

Here's how to make the figure with the caption but without the plot:

```{r pressure, fig.cap='Here is a figure caption.', out.width=0, out.height=0}
plot(pressure)
```

я могу видеть файлы в ~/figures/: 

[duckmayr@duckmayr-pc ~]$ ls ~/figures/
pressure-1.png

(Так как вы вяжете в PDF, по умолчанию ваши изображения графика также будут сохранены какPDF, а не PNG).

...