Вы не можете просто предотвратить это.Хеш коммита для вашего подмодуля хранится в файле, поэтому если вы измените хеш коммита в двух ветвях вашего суперпроекта, то у вас неизбежно возникнет конфликт слияния.
Если вам нужно изменитьсубмодуль для каждого коммита, однако, тогда, возможно, ваш субмодуль не должен был быть субмодулем в первую очередь.Вы можете посмотреть здесь о том, как объединить подмодуль в родительское дерево.
Также: посмотрите здесь о том, как управлять конфликтами с подмодулями.