Я предполагаю, что это происходит потому, что переключение в темный режим вызывает изменение конфигурации.Изменение конфигурации приведет к воссозданию активности, если вы явно не укажете ОС, что вы будете обрабатывать это изменение самостоятельно, как описано здесь .
Когда меняется тема приложения (либо через настройки системы, либо через AppCompat) это вызывает изменение конфигурации uiMode.Это означает, что Действия будут автоматически воссозданы.
Как разработчику, вам нужно добавить android:configChanges="uiMode"
в вашем манифесте к активности вашей игры, чтобы предотвратить принудительное восстановление, когда ОС меняет тему.
<activity
android:name=".MyActivity"
android:configChanges="uiMode" />
Я не разработчик Unity, но я предполагаю, что Unity игнорирует все изменения конфигурации по умолчанию.