Вам нужно сделать эти свойства nullable
в классе объектной модели, как показано ниже.
[JsonProperty(NullValueHandling = NullValueHandling.Ignore)]
public int? someProperty { get; set; }
Также, если само свойство отсутствует в классе при десериализации, вы можете сделать следующее:
JsonSerializerSettings settings = new JsonSerializerSettings();
settings.MissingMemberHandling = MissingMemberHandling.Ignore;
var deserializedObj = JsonConvert.DeserializeObject<MyModelClass>(jsonConfig, settings);