Я пытался использовать функцию qvalue для вычисления TPR:
library(qvalue)
qval_obj=qvalue(pvalR)
pi1=1-qval_obj$pi0
, но после запуска:
qval_obj=qvalue(pvalR)
Error in smooth.spline(lambda, pi0, df = smooth.df) :
missing or infinite values in inputs are not allowed
или
qval_obj=qvalue(pvalR,lambda=0.5)
Error in pi0est(p, ...) :
ERROR: The estimated pi0 <= 0. Check that you have valid p-values or use a different range of lambda.
Я проверял:
max(pvalR)
[1] 0.000352731
min(pvalR)
[1] 1.84872e-127
> sum(is.na(pvalR))
[1] 0
> sum(is.infinite(pvalR))
[1] 0
> length(pvalR)
[1] 129368
Также я пытался использовать этот флаг: lambda = 0 Но:
> qval_objR=qvalue(pvalR,lambda=0)
> pi1=1-qval_objR$pi0
> pi1
[1] 0
Пожалуйста, сообщите,
Спасибо Ана