Если у вас большой массив, вы можете сделать это без сортировки списка, что немного быстрее, чем
from operator import add
from functools import reduce
A = [[1, 2, 4],
[3, 5, 6],
[7,8,9]]
addlists = lambda l: reduce(add, l)
list_A = addlists(A)
result = [list_A.pop(list_A.index(min(list_A))) for _ in range(3)]
Это немного сложнее, хотя импортированные модули действительно полезны.