В зависимости от базы данных, которую вы используете, вы можете создать таблицу из переданного массива и присоединить к ней сущность, что-то вроде:
select e
from (values (1), (2), (3), ...) as t(id)
inner join employee e on t.id = e.id;
Это можно оценить как собственный запрос:
entityManager.createNativeQuery(
"select e " +
"from (values (1), (2), (3), ...) as t(id) " +
"inner join employee e on t.id = e.id", Employee.class)
.gerResultList();
Но, как вы видите, вам придется самостоятельно составлять запрос или передавать довольно много параметров (возможно, в цикле).