Программа C ++ не запускается при вызове из R (Ошибка поиска символа) - PullRequest
Новая
       35

Программа C ++ не запускается при вызове из R (Ошибка поиска символа)

0 голосов
/ 19 сентября 2019

У меня есть программа на C ++, Alpine3d, которая прекрасно работает, когда я вызываю ее из командной строки.Эта программа использует MongoCXX для вывода данных в MongoDB.

На одном ПК с Ubuntu 18 я могу успешно запустить Alpine3d из R с помощью команды "system".Однако на другом компьютере с Ubuntu 18, на котором Alpine3D правильно запускается из командной строки, при попытке запустить Alpine3D из R выдается ошибка:

alpine3d: symbol lookup error: /usr/local/lib/libmongocxx.so._noabi: undefined symbol: mongoc_transaction_opts_destroy

Эта библиотека, / usr / local / lib/libmongocxx.so._noabi, существует.Я подозревал, что это может быть неправильно установлен MongoCXX, но после переустановки я так не думаю.

Исходя из этой темы, Ошибка при загрузке общих библиотек: libbsoncxx.so._noabi: невозможно открыть файл общего объекта: Нет такого файла или каталога , я также играл с CMakeLists.TXT, чтобы убедиться, что библиотеки Mongo и BSON правильно связаны, и похоже, что они успешно подобраны.

Есть идеи, что исследовать?Рад продемонстрировать некоторый код, если у кого-то есть идеи, с чего начать.

Спасибо за любые идеи!

[Обновление] В ответ на комментарий Ральфа:

Выводldd $ (который alpine3d) в командной строке: 

$ ldd $(which alpine3d)
    linux-vdso.so.1 (0x00007ffc097aa000)
    libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f15a5675000)
    libbsoncxx.so._noabi => /usr/local/lib/libbsoncxx.so._noabi (0x00007f15a5458000)
    libmongocxx.so._noabi => /usr/local/lib/libmongocxx.so._noabi (0x00007f15a51cb000)
    libalpine3d.so.3 => /usr/local/lib/libalpine3d.so.3 (0x00007f15a4f39000)
    libmeteoio.so.2 => /usr/local/lib/libmeteoio.so.2 (0x00007f15a4b0f000)
    libsnowpack.so.3 => /usr/local/lib/libsnowpack.so.3 (0x00007f15a480a000)
    libstdc++.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 (0x00007f15a4481000)
    libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007f15a40e3000)
    libgcc_s.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1 (0x00007f15a3ecb000)
    /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f15a5c7f000)
    libbson-1.0.so.0 => /usr/local/lib/libbson-1.0.so.0 (0x00007f15a3c91000)
    libmongoc-1.0.so.0 => /usr/local/lib/libmongoc-1.0.so.0 (0x00007f15a3a06000)
    libgomp.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgomp.so.1 (0x00007f15a37d7000)
    libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007f15a35b8000)
    libproj.so.12 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libproj.so.12 (0x00007f15a334f000)
    liblapack.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/liblapack.so.3 (0x00007f15a2ac9000)
    libblas.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libblas.so.3 (0x00007f15a286e000)
    librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007f15a2666000)
    libresolv.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libresolv.so.2 (0x00007f15a244b000)
    libz.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1 (0x00007f15a222e000)
    libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f15a202a000)
    libopenblas.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenblas.so.0 (0x00007f159fd84000)
    libgfortran.so.4 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.4 (0x00007f159f9a5000)
    libquadmath.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libquadmath.so.0 (0x00007f159f765000)

, который показывает ссылки на libmongocxx и т. д.

из R: 

system("ldd $(which alpine3d)")
    linux-vdso.so.1 (0x00007ffe0d5f2000)
    libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f1fa84e4000)
    libbsoncxx.so._noabi => /usr/local/lib/libbsoncxx.so._noabi (0x00007f1fa82c7000)
    libmongocxx.so._noabi => /usr/local/lib/libmongocxx.so._noabi (0x00007f1fa803a000)
    libalpine3d.so.3 => /usr/local/lib/libalpine3d.so.3 (0x00007f1fa7da8000)
    libmeteoio.so.2 => /usr/local/lib/libmeteoio.so.2 (0x00007f1fa797e000)
    libsnowpack.so.3 => /usr/local/lib/libsnowpack.so.3 (0x00007f1fa7679000)
    libstdc++.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 (0x00007f1fa72f0000)
    libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007f1fa6f52000)
    libgcc_s.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1 (0x00007f1fa6d3a000)
    /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f1fa8aee000)
    libbson-1.0.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libbson-1.0.so.0 (0x00007f1fa6b03000)
    libmongoc-1.0.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmongoc-1.0.so.0 (0x00007f1fa6890000)
    libgomp.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgomp.so.1 (0x00007f1fa6661000)
    libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007f1fa6442000)
    libproj.so.12 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libproj.so.12 (0x00007f1fa61d9000)
    liblapack.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/liblapack.so.3 (0x00007f1fa5953000)
    libblas.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libblas.so.3 (0x00007f1fa56f8000)
    librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007f1fa54f0000)
    libssl.so.1.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libssl.so.1.1 (0x00007f1fa5263000)
    libcrypto.so.1.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcrypto.so.1.1 (0x00007f1fa4d98000)
    libsnappy.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libsnappy.so.1 (0x00007f1fa4b90000)
    libz.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1 (0x00007f1fa4973000)
    libresolv.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libresolv.so.2 (0x00007f1fa4758000)
    libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f1fa4554000)
    libopenblas.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenblas.so.0 (0x00007f1fa22ae000)
    libgfortran.so.4 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.4 (0x00007f1fa1ecf000)
    libquadmath.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libquadmath.so.0 (0x00007f1fa1c8f000)

я вижутеперь, когда папки разные.Где R получает эту переменную от того, что отличается?Еще раз спасибо!

1 Ответ

1 голос
/ 26 сентября 2019

Благодаря комментариям Ральфа я понял это.Я, должно быть, установил libmongoc как из командной строки, так и из исходного кода.Чтобы удалить версию из / usr / lib / x86_64-linux-gnu, я просто использовал командную строку:

sudo apt-get remove libmongoc-1.0-0

...