@ Ответ Джоша Мура привел меня к JGit , который, кажется, является конкурентом JavaGit. JGit является чистой Java и лицензируется под BSD.
Некоторая дальнейшая раскопка обнаружена HgKit , целью которой является реализация Mercurial на Java. Это все еще пре-альфа и GPLed.