Apache имеет mod_proxy и mod_proxy_html, который используется для перезаписи ссылок, заголовков и т. Д. Я только когда-либо видел фильтры HTML или XML, но вы должны быть в состоянии написать свой собственный двоичный файл для ваших нужд PDF. Возможная трудность, с которой я столкнулся, заключается в том, что Apache рассматривает веб-страницы как поток, а не как файл. Я не уверен, как сделать водяные знаки в документе PDF, но если вам нужен доступ ко всему файлу, это может быстро усложниться.
Обратите внимание, что для меня было бы гораздо проще сделать водяные знаки на сервере, где у вас есть доступ к файлу, а не к прокси. Если проблема заключается в загрузке сервера, альтернативным решением может быть либо пакетный процесс, либо отдельный сервер.