В дополнение к корневому логгеру (который всегда должен быть там) у вас могут быть именованные логгеры с их собственными appender-refs и уровнями.
Например, у вас может быть что-то вроде этого:
<root>
....
</root>
<logger name="loggerForWebApp">
<level value="WARN" />
<appender-ref ... />
</logger>
<logger name="loggerForConsoleApp">
<level value="WARN" />
<appender-ref ... />
</logger>
В коде вы вызываете этих регистраторов по имени:
var log = LogManager.GetLogger("loggerForWebApp");