Вы должны запустить оба Tomcats с jpda (режим отладки) с соответствующими им различными портами отладки.Например: 8000 для первого Tomcat и 9000 для второго (обратите внимание, что этот порт не связан с портом http, который в Tomcat обычно равен 8080).
Затем в своем затмении вы должны настроитьдве разные конфигурации отладки типа «Удаленное приложение», указывающие на порты каждого Tomcat (8000 и 9000).Запустите обе конфигурации отладки («присоедините» к процессу Tomcat) и установите точки останова в обоих проектах.
Как только вы выполняете запросы к любому Tomcat, выполнение должно остановиться на любой из точек останова вашего приложения.
Вы готовы начать выполнение потока, который вы хотите отладить.