В вашем вопросе вы явно добавили нули в начало матрицы, а не в конец, но в любом случае.
Чтобы расширить список до одного из 9 элементов с предшествующими нулями:
list_out = [0]*(9-len(list_in)) + list_in
чтобы расширить список до одного из 9 элементов с конечными нулями, просто измените порядок в обратном порядке:
list_out = list_in + [0]*(9-len(list_in))
Мы можем преобразовать список из 9 элементов в матрицу, используя
matrix = [li[0:3,li[3:6],li[6:9]
например,
list_in = [1,2,3]
li = list_in + [0]*(9-len(list_in))
matrix = [li[0:3],li[3:6],li[6:9]]
дает
[[1, 2, 3], [0, 0, 0], [0, 0, 0]]