Некоторые или все ваши проблемы могут быть связаны с управлением версиями.Ваш пост помечен python-3.5, но ваша команда apt показывает, что вы устанавливаете пакеты python-2.Если вы хотите установить pydot и pydot-ng с помощью apt для python-3.5, тогда команда должна быть
apt install python3-pydot python3-pydot-ng
У меня были в основном неудачные опыты с использованием pip для установки / обновления пакетов Python для дистрибутива Python в Ubuntu,Я вообще не рекомендую это.Для этого есть способ установить pygraphviz через apt.
apt install python3-pygraphviz
Установка через apt выгодна, потому что вам не нужно иметь дело с накладными расходами на сборку колес.