Для тех, кто приезжает сюда в наше время
Теперь есть больше возможностей для перезапуска passanger из ssh.
Вот обновленный документ
passenger-config restart-app
или
passenger-config restart-app /Users/phusion/testapp
и старый способ, который можно сделать, если у вас был только FTP-доступ
touch tmp/restart.txt
это будет сделано не сразу, passanger будет искать измененную временную метку, которая будет изменена для выполнения перезапуска.