Вам необходимо установить два правила фильтрации:
[pytest]
filterwarnings =
ignore
default:::mypackage.*
Вы можете применять несколько фильтров, поэтому игнорируйте все и повторно разрешите предупреждения для вашего пакета.Последний имеет самый высокий приоритет.Синтаксис фильтра: action:message:category:module:line
.Возможные действия и более подробную информацию можно найти в здесь .