Метод .get_arrays () предоставляет вам доступ ко всем массивам, первый из которых - исходные данные.
from sklearn.neighbors import KDTree
import numpy as np
Z = np.array([[-1, -1], [-2, -1], [-3, -2], [1, 1], [2, 1], [3, 2]])
kdt = KDTree(Z, leaf_size=30, metric='euclidean')
kdt.query(Z, k=2, return_distance=False)
kdt.get_arrays()[0]
array([[-1., -1.],
[-2., -1.],
[-3., -2.],
[ 1., 1.],
[ 2., 1.],
[ 3., 2.]])