Чтобы явно контролировать, какие файлы включены в пакет, вы можете указать тег файла в .nuspec fule.
<files>
<file src="bin\Debug\*.dll" target="lib" />
<file src="bin\Debug\*.pdb" target="lib" />
<file src="tools\**\*.*" exclude="**\*.log" />
</files>
Проверьте здесь для получения дополнительной информации