Согласно документации Eclipse , у вас есть возможность добавить пользовательский шаг после сборки :
Не тестировался, но вы можете использовать этот пример и настроить его под свои нужды:
upx -o $(EXE_DIR)/$(PROJECTNAME)-packed $(EXE_DIR)/$(PROJECTNAME)
или
upx -o $(PROJECT_LOC)/$(PROJECTNAME)-packed $(PROJECT_LOC)/$(PROJECTNAME)
в зависимости от того, как вы сконфигурировали переменные вашего проекта.