Вы выбираете слишком много ячеек таблицы.Значения, которые вы хотите, есть, но их трудно найти.Вы можете создать лучший селектор CSS, чтобы соответствовать только ячейкам таблицы, которые вы хотите.Попробуйте этот код.Объяснение в комментариях:
Document document2 = Jsoup.connect("http://www.meteoam.it/ta/previsione/110/magenta")
.userAgent("Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; Win64; x64; rv:25.0) Gecko/20100101 Firefox/25.0").get();
/* after analyzing HTML of this page I see we can find table by id "oggi" and get all TD cells */
Elements tableCells = document2.select("div#oggi td");
/* I see you want to keep the values in an array so I'm creating
an array of the size matching amount of table cells found */
String[] values = new String[tableCells.size()];
int i = 0;
for (Element td : tableCells) {
/* putting each cell text into the array */
values[i++] = td.text();
}
/* display collected values */
System.out.println("TEMP " + values[2]);
System.out.println("UMIDITÀ " + values[3]);
System.out.println("VENTO " + values[4]);
System.out.println("RAFFICHE " + values[5]);