Хранилище mongodb является частью проекта GeoTools, здесь: https://github.com/geotools/geotools/tree/master/modules/plugin/mongodb
В общем, все, что не специфично для протокола, например хранилища объектов и покрытий, поддержка каскадирования, рендеринг, ссылки, языки стилей и т. Д.все они находятся в GeoTools, в то время как GeoServer имеет механизмы реализации протоколов и автоматизации (например, WMS, WFS, импортер, форматы вывода и т. п.).