Когда вы помещаете свой проект в локальный репозиторий Git, файлы проекта перемещаются из рабочей области в репозиторий Git.
Eclipse просто сохраняет указатель на проект в метаданных рабочей области.В этом можно убедиться, посмотрев страницу «Свойства»> «Ресурс» проекта - в поле «Местоположение».