Кажется, что в библиотеке нет API для добавления каких-либо действий, поэтому вы можете использовать грязный хак:
Добавить некоторый класс для вашей ссылки, добавить класс и для кнопки:
Alert::warning('Deleting user -<br/>are you sure?')
->showCancelButton($btnText = 'Cancel', $btnColor = '#dc3545')
->showConfirmButton(
$btnText = '<a class="add-padding" href="/admin/users/'. $id .'/delete">Yes</a>', // here is class for link
$btnColor = '#38c177',
['className' => 'no-padding'], // add class to button
)->autoClose(false);
Установить стили для этого класса в CSS:
.no-padding {padding:0 !important;}
.add-padding {
padding: .625em 2em; # padding as you need according your styles
display: inline-block;
}