Нет, не без изменения работы функции pandas.DataFrame.apply
.
Из документации говорится, что
Возвращает: Series или DataFrame
Если вы действительно хотите, вы можете сделать что-то вроде:
my_two_df = lambda df, fs: (df.apply(fs[0]), df.apply(fs[1]))
Но я не думаю, что это дает лучшее решение, чем просто вызов вашей функции в двух отдельных строках для удобства чтения.