Вы можете хранить элементы в списке, хитрость в том, чтобы создать эффективные представления, которые быстро возвращают постраничные данные обратно пользователю.
Другой вариант - использовать папки для разделения данных.
Если вам действительно нужно хранить его вне SharePoint, я бы подумал об ожидании SharePoint 2010 и их функций «Внешние списки», так как существует множество подводных камней и вещей, которые необходимо учитывать, если вы хотите имитировать эту функциональность в SharePoint 2007 (был там, сделал это).