Существует ряд зашифрованных решений для резервного копирования, использующих S3. Возможно, самым известным является Jungledisk . Однако я бы настоятельно рекомендовал использовать систему контроля версий с частным репозиторием; вы будете рады, что в первый раз поняли, что вам нужно восстановить какой-то код из 2 ревизий назад или воспроизвести ошибку, возникшую в предыдущем выпуске вашего программного обеспечения. Github предлагает частные git-репозитории, начиная с чрезвычайно разумной цены; у вас есть полный контроль доступа. Хороший обзор частных репозиториев SVN здесь .
Кроме того, вам не нужно «защищать свой IP» - ваш IP защищен законом об авторском праве. Возможно, вам понадобится или вы захотите защитить конфиденциальность вашего источника, но если бы мне дали выбор между использованием контроля источника и использованием шифрования, я лично выбрал бы контроль источника в одно мгновение, а затем выбрал бы частный хост репозитория, которому, как я доверяю, не угрожать мои данные.