Трудно сказать - главная причина для самостоятельного размещения, вероятно, имеет больший контроль, например возможность настроить систему так, как вам нужно.
Хостинг IIS удобен и прост в настройке, а также предлагает загрузку услуги «по требованию», например, хост службы загружается только в том случае, если запрос действительно поступил.
Эта постоянная загрузка (и выгрузка) хоста службы, вероятно, немного снизит производительность - с другой стороны, самостоятельно размещая хост сервиса, вы, вероятно, используете больше памяти (поскольку ServiceHost активен и вообще находится в памяти раз).
Итак, опять же - это компромисс между памятью и скоростью - самохостинг использует больше оперативной памяти, но, вероятно, немного быстрее.
Марк