Случайно, я не знаю ничего, что делает это. Однако можно написать: каждый объект JavaDoc (например, MethodDoc ) предоставляет метод position (), который задает исходную позицию связанной декларации. Прочитайте весь исходный файл в ArrayList по строкам, для каждого тега добавьте соответствующую аннотацию к связанной строке (вы не хотите добавлять новые строки в список, потому что это приведет к сбросу счетчиков), затем запишите файл обратно вне.
Интересное решение, но я подозреваю, что в долгосрочной перспективе будет лучше сделать это вручную, по одному набору тегов за раз.