Показать все варианты

Question

У меня есть файл ДНК vcf 2 ГБ, и я пытаюсь использовать vcf_to_zarr () для распечатки всех вариантов со всеми фиксированными полями, но я получаю сообщение об ошибке KeyError: 'варианты / *'

allel.vcf_to_zarr

import allel
import numcodecs
import zarr

def readVcf():

    allel.vcf_to_zarr('actual.vcf', 'example.zarr', fields='*', overwrite=True)
    callset = zarr.open_group('example.zarr', mode='r')
    allfield=callset['variants/*']

    for a in allfield:
         print(a)

Answer 1

Чтобы перебрать все поля вариантов, выполните:

for a in callset['variants']:
    print(a)

Зарр не понимает подстановочные знаки ('*') в путях иерархии.