Чтобы ответить на ваш вопрос, вы ничего не можете сделать в одном коммите , чтобы отличить удаление + создание от переименования.Если вы можете разделить удаление и создание на отдельные коммиты , это не позволит Git идентифицировать операцию как переименование.
Согласно статье Git из Википедии:
Git устраняет проблему, обнаруживая переименования при просмотре истории снимков, а не записывая их при создании снимка
«Проблема» заключается в сложности отслеживания истории переименованного файла.