Как я уже писал в своем комментарии, ваша проблема - это сочетание неявных и явных объединений.
Поскольку явные объединения были частью ANSI-SQL уже почти 30 лет, на самом деле нет необходимости использовать неявные объединениябольше, никогда.
Вот какая должна быть рабочая версия вашего оператора выбора:
SELECT el.emp_number
,el.first_name
,el.last_name
,e.job_desc_abbr AS item_description
,el.level_one
,el.level_one_firstname
,el.level_one_lastname
,el.level_two
,el.level_two_firstname
,el.level_two_lastname
,el.level_three
,el.level_three_firstname
,el.level_three_lastname
FROM emp_level AS el
JOIN emp_information_test AS e
ON el.emp_number = e.empid
RIGHT JOIN (
SELECT empid
,job_desc_abbr
FROM emp_information_test
) AS level1
ON level1.empid = el.level_one
WHERE e.deptno <> '999'
AND e.empid IN ('547787','253010')