Не уверен, но я думаю, что вы остановите init Jquery, переименовав первую функцию, поэтому вы можете попробовать это, пожалуйста:
$(document).ready(function () {
var dopodmiany = 'wybierzpaczkomatbezpo';
var podmiana = '<a href="/paczkomatymapa.html" target="_blank"><img src="szukajpaczkomatu.jpg"></a>';
document.body.innerHTML = document.body.innerHTML.replace(dopodmiany, podmiana);
var dopodmiany2 = 'wybierzpaczkomatzpo';
var podmiana2 = '<a href="/paczkomatymapa.html" target="_blank"><img src="szukajpaczkomatu.jpg"></a>';
document.body.innerHTML = document.body.innerHTML.replace(dopodmiany2, podmiana2);
});