Это не должно быть проблемой: я часто работаю с двумя разными кассовыми аппаратами на одной и той же машине, и у меня никогда не возникало таких проблем - на самом деле, над проектом, над которым я сейчас работаю, мы несколько разработчиков, некоторые из нас используют несколько проверок на одной и той же машине - и никаких проблем: это работает точно, так как у каждого была только одна проверка на разных машинах.
SVN работает по принципу «на коммит»: машина, хост, имя хоста, пользователь, что угодно, ... не имеет значения.
У каждого коммита будет свой номер ревизии и, в вашем случае, другое имя пользователя.