Я пытаюсь очистить одну строку от другой.
before = before.replaceAll(Constants.GENE_START_SEQUENCE, "");
И, тем не менее, следующее утверждение иногда не выполняется:
assert before.indexOf(Constants.GENE_START_SEQUENCE) == -1 : before;
Это то, что утверждает ассорт:
IIAOOOCOAAAOCCIOOOACAIAOACICOOIAIOOICIIOIIOICOICCCOOAOICOCOOIIOOAOAACIIOCCICIOIII