Если я вас правильно понял, вы хотите заменить q на m, w на n и так далее.Попробуйте следующее:
import os, sys, random
dig = 0
text_encoded = ""
text = ""
try:
if os.path.isfile(sys.argv[1]) == True:
with open(sys.argv[1], "r") as text:
text = text.readlines()
except:
pass
if text == "":
print("Write the text to encode")
text = input()
mychars=list("qwertyuiopasdfghjklzxcvbnm ")
myencode=list("mnbvcxzlkjhgfdsapoiuytrewq@")
charmap=zip(mychars,myencode)
_map = dict(charmap)
encoded_text = ''.join(_map.get(c) for c in text)
print("Your encoded text is:\n"+encoded_text)
В строках вашего вопроса упоминается, что вы хотите заменить '' на @.Если вы не хотите этого делать, просто удалите последние символы из обеих приведенных выше строк.