Исходя из вашего комментария, если у вас есть три файла: файл1, файл2, файл3 и вы хотите зафиксировать только файл1, файл2 и хотите неизмененную версию файла3, вы можете использовать приведенную ниже команду извлечения на уровне файла.
git checkout master -- file3 # then copy the version of file3
# from branch "master"
Таким образом, файл3 копируется из главной ветки в вашу локальную.
Теперь вы можете продолжить и зафиксировать.
git add file1, file2
git commit -m "modified file1, file2"