MSDN может быть ошеломляющим, однако есть некоторые кусочки света. Эта страница предоставит вам некоторый контекст:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms867086.aspx
В любом случае, это действительно зависит от того, что вы планируете делать. Если вы просто используете CryptoAPI для выполнения криптографических операций, у вас все хорошо с MSDN или просто загляните в Wincrypt.h (в этом заголовке много информации).
Однако, если вы планируете разработать собственный CSP (поставщик услуг криптографии) с аппаратным обеспечением или без него, вам потребуется дополнительная информация.
Если вы дадите мне больше деталей, я могу указать вам подходящее место (я делал обе вещи назад).
Привет