Создание отдельного файла PHP для каждого класса, безусловно, было бы более удобным, если бы это был проект любого размера. Это также позволило бы вам делать разные вещи, например, иметь другую аутентификацию на уровне сервера в зависимости от классов.
Что касается JavaScript, то вам определенно нужна какая-то библиотека AJAX, независимо от того, собираете ли вы ее вместе (я делал один раз из примерно 50 строк JavaScript) или используете одну из них. Вам может понадобиться вспомогательная функция или две, которые знают, как сериализовать данные (XML, JSON, с разделителями, что угодно).
Вы можете написать объектно-ориентированный код на JavaScript, и, если вы уже это делаете, имеет смысл добавить метод write () или updateServer () для вызова библиотеки AJAX с правильными параметрами для согласованности. Если вы не пишете OO-код, все же может иметь смысл иметь отдельные функции, но только если вам нужно сохранить эти объекты в нескольких местах.