Следует иметь в виду, что параметры командной строки можно установить также для каждого исходного файла, а не только для каждого проекта, что может быть тем, что вам не хватает.
Один из способов увидеть все, что происходит, - посмотреть журнал сборки. В конце сборки в представлении «Вывод» вы должны увидеть строку вроде:
Журнал сборки был сохранен в «пути к файлу».
Удерживая клавишу Ctrl, щелкните путь к файлу в окне вывода, и он загрузит файл журнала, и вы должны увидеть все командные строки для каждого файла.
Обновление:
Этот ответ был для Visual Studio 2008. Вы больше не получаете ссылку в окне вывода в новых версиях Visual Studio. Вместо этого вам нужно перейти в каталог сборки вашего проекта, чтобы увидеть файл журнала. Смотрите здесь:
https://msdn.microsoft.com/en-us/library/jj651643.aspx
На самом деле эта ссылка немного неверна. Файл журнала имеет расширение .log, а не .txt.