Скорее всего, существует несоответствие версии JMeter.
Версия JMeter в репозиториях Ubuntu - это JMeter 2.13 , выпущенная в 2015 году
Текущая версия JMeter JMeter 5.1.1 , и было много изменений с версии 2.13, включая несовместимые.
Таким образом, вам необходимо обновить JMeter до последней версии, доступной со страницы JMeter , если вы запускаете сценарий .jmx с использованием той же версии JMeter, он должен быть успешным независимо от того, какая ОСиспользовался.