Рассол Python идеально кроссплатформенный.
Вероятно, это связано с различиями EOL (End-Of-Line) между Windows и Linux. Обязательно открывайте файлы Pickle в двоичном режиме как при записи, так и при чтении, используя режимы open () "wb" и "rb" соответственно.
Примечание. Передача солений между разными версиями Python может вызвать проблемы, поэтому попробуйте установить одну и ту же версию на обеих платформах.