Хотя я довольно новичок в SQL, я уже использовал python для создания БД, но теперь я застрял.
Проще говоря, у меня есть схема с тремя таблицами, которые связаны друг с другомчерез внешние ключи.Они были созданы с использованием Python, как описано ниже (без показа определений c и conn, так как я почти уверен, что ошибка не лежит там):
import sqlalchemy
import pandas as pd
# create the runsMaster table
c.execute("""CREATE TABLE IF NOT EXISTS `ngsRunStats_FK`.`runsMaster` (
`run_ID` INT NOT NULL AUTO_INCREMENT,
`run_name` VARCHAR(50) NULL,
PRIMARY KEY (`run_ID`))
ENGINE = InnoDB""")
# Create the samplesMaster table
c.execute("""CREATE TABLE IF NOT EXISTS `ngsRunStats_FK`.`samplesMaster` (
`sample_ID` INT NOT NULL AUTO_INCREMENT,
`run_ID` INT NULL,
`sample_name` VARCHAR(50) NULL,
PRIMARY KEY (`sample_ID`),
INDEX `fk_table1_runsMaster1_idx` (`run_ID` ASC),
CONSTRAINT `fk_table1_runsMaster1`
FOREIGN KEY (`run_ID`)
REFERENCES `ngsRunStats_FK`.`runsMaster` (`run_ID`)
ON DELETE CASCADE
ON UPDATE NO ACTION)
ENGINE = InnoDB""")
# Create the XYStats table
c.execute("""CREATE TABLE IF NOT EXISTS `ngsRunStats_FK`.`XYstats` (
`XYstats_ID` INT NOT NULL AUTO_INCREMENT,
`run_ID` INT NULL,
`sample_ID` INT NULL,
`X_TOTAL_COVERAGE` FLOAT NULL,
`X_TARGET_COUNT` FLOAT NULL,
`X_MEAN_TARGET_COVERAGE` FLOAT NULL,
`Y_TOTAL_COVERAGE` FLOAT NULL,
`Y_TARGET_COUNT` FLOAT NULL,
`Y_MEAN_TARGET_COVERAGE` FLOAT NULL,
`Ymeancov_Xmeancov` FLOAT NULL,
PRIMARY KEY (`XYstats_ID`),
INDEX `fk_XYstats_runsMaster_idx` (`run_ID` ASC),
INDEX `fk_XYstats_samplesMaster1_idx` (`sample_ID` ASC),
CONSTRAINT `fk_XYstats_runsMaster`
FOREIGN KEY (`run_ID`)
REFERENCES `ngsRunStats_FK`.`runsMaster` (`run_ID`)
ON DELETE CASCADE
ON UPDATE NO ACTION,
CONSTRAINT `fk_XYstats_samplesMaster1`
FOREIGN KEY (`sample_ID`)
REFERENCES `ngsRunStats_FK`.`samplesMaster` (`sample_ID`)
ON DELETE CASCADE
ON UPDATE NO ACTION)
ENGINE = InnoDB""")
Оба samplesMaster и таблица runsMaster работают нормально.Они автоматически заполняются из других итераций, которые не так важны для понимания этой проблемы.
После нескольких операций я хочу извлечь некоторые значения из pandas df (XY_df) и вставить вXYStats таблица.Мой pandas df выглядит следующим образом
0 1 2 3
0 X 121424.000000 64.0 1897.26000
1 Y 14.019900 4.0 3.50497
2 Ymeancov/Xmeancov 0.001847 NaN NaN
Ниже приведен словарь, который можно получить из таблицы с XY_df.to_dict()
{0: {0: 'X', 1: 'Y', 2: 'Ymeancov/Xmeancov'},
1: {0: 121424.0, 1: 14.0199, 2: 0.00184739},
2: {0: 64.0, 1: 4.0, 2: nan},
3: {0: 1897.26, 1: 3.5049699999999997, 2: nan}}
Кодом, который я использую для заполнения XYStats таблица показана ниже:
c.execute(f"""INSERT INTO XYstats (run_ID, sample_ID, X_TOTAL_COVERAGE, X_TARGET_COUNT, X_MEAN_TARGET_COVERAGE, Y_TOTAL_COVERAGE, Y_TARGET_COUNT, Y_MEAN_TARGET_COVERAGE, Ymeancov_Xmeancov)
VALUES
('{runID}',
'{sampleID}',
'{XY_df.iloc[0,1]}',
'{XY_df.iloc[0,2]}',
'{XY_df.iloc[0,3]}',
'{XY_df.iloc[1,1]}',
'{XY_df.iloc[1,2]}',
'{XY_df.iloc[1,3]}',
'{XY_df.iloc[2,1]}'
""")
conn.commit()
Но тогда я получаю
ProgrammingError: You have an error in your SQL syntax; check the manual that corresponds to your MySQL server version for the right syntax to use near '' at line 11
Что вообще не информативно Я считаю
Я совершенно уверен, что моя ошибка не лежит в
- Создание таблиц.Я использовал
runsMaster, а также samplesMaster такими, какими они являются - Тип данных, который я пытаюсь вставить в таблицу
XYStats> XY_df, представляет собой фрейм данных pandas ия пытаюсь вставить (например, XY_df.iloc[0,3]) numpy.float64 (type(XY_df.iloc[0,1]))
Но кроме этого я совершенно не понимаю, что происходит, как сообщение об ошибке, которое я получаюочень расплывчато.