Я не думаю, что это было бы вообще возможно. Представьте, что вы сделали запрос, подобный этому:
dataContext.Users.InsertOnSubmit(new User { GroupId = 1 });
var groups = dataContext.Groups.Where(grp => grp.Users.Any());
База данных ничего не знает о новом пользователе (пока), потому что вставка еще не зафиксирована, поэтому сгенерированный SQL-запрос может не вернуть Группу с Id = 1. Единственный способ, которым DataContext мог бы принять во внимание не- пока что отправленная вставка в подобных случаях будет заключаться в получении всей таблицы групп (и, возможно, большего числа таблиц, если запрос затрагивает их) и выполнении запроса на клиенте, что, конечно, нежелательно. Я предполагаю, что разработчики L2S решили, что было бы нелогично, если бы некоторые запросы учитывали еще не зафиксированные вставки, а другие - нет, поэтому они решили никогда их не учитывать.
Почему бы вам не использовать что-то вроде
foreach (var name in names.Distinct(StringComparer.InvariantCultureIgnoreCase))
чтобы отфильтровать повторяющиеся имена перед попаданием в базу данных?