Создание графиков PCoA в R с заданной матрицей расстояний UniFrac

Question

У меня есть матрица расстояний (взвешенные расстояния UniFrac), и я хочу выполнить анализ PCoA в R.

матрица расстояний:

Я попробовал какой-то код, который нашел в Интернете:

beta <- read.table('weighted_unifrac.txt', sep = "\t", head = T, row=1)
pc.beta <- cmdscale (beta, k=2)
plot(pc.beta [,1], pc.beta[,2])

Это дает мне сюжет:

Однако естьвозможность раскрашивать сейчас разные группы моего образца.Любые советы, как связать матрицу расстояний с моими данными о группах?

Answer 1

Я бы посоветовал вам изменить графический движок на ggplot2, где

df<-data.frame(x <- rnorm(10, 10, 1), y <- rnorm(10, 10, 2))

ggplot(df, aes(x = c(1:length(df$x)))) +
  geom_point(aes(y = df$y, colour = 'y')) +
  geom_point(aes(y = df$x, colour = 'x')) +
  labs(x = 'Index [1, 10]', y = 'Values')

создает сюжет