Github на самом деле имеет полезное руководство о том, как удалить конфиденциальную информацию из хранилища.
Однако, пожалуйста, обратите внимание, что они говорят о загрузке конфиденциальных данных:
Предупреждение. После того, как вы отправили коммит в GitHub, вы должны считать все содержащиеся в нем данные взломанными. Если вы зафиксировали пароль, измените его!Если вы зафиксировали ключ, сгенерируйте новый.
При этом вы можете попробовать использовать BFG Repo-Cleaner для очистки любых конфиденциальных данных.